1)蛋白質功能研究

 

　　在原子及電子傳遞層次，酶反應機理或蛋白質-蛋白質相互作用方面，蛋白質結構的經典意義是深入理解其功能。隨著越來越多復雜大分子復合物及膜蛋白晶體結構的解析，我們必將更加廣泛和深刻地理解生物學功能及生物界的起源、發生和發展規律。

 

　　2)基于結構的藥物設計

 

　　根據已知蛋白質結構進行藥物設計和優化，這種方法已經被廣泛用于目標蛋白的選取和藥物的前期研發，并已成功研制出一些藥物用于臨床治療。大量蛋白質結構的解析，尤其是蛋白激酶和具有重要功能的膜蛋白（如GPCR等）的結構分析，將為基于結構的藥物設計提供更多的工作靶標。此外，這些蛋白質或其晶體可用于Fragment小分子的共結晶或浸泡篩選，它們復合物的晶體結構將為藥物的優化提供數據支持。

 

　　3)蛋白質工程

 

　　通過對野生型及不同突變體的空間結構的研究，根據需要對蛋白質進行改造，設計活性更高或具有其他功能特性的蛋白質分子。尤其是對于具有某一功能的家族的蛋白質結構研究分析，對于更好地理解結構和功能的關系是十分重要的。同時大量實驗數據的積累將為基于結構的預測分析提供必要的理論依據。